制药工程是最近几年才发展起来的一个新专业，1998年正式出现在教育部本科专业目录上。药品批量生产始于西药，在以前中药都是由医生开方病人抓药，中药本身都是纯手工操作。由于西药是用化学方法生产的，因此设置伊始，制药工程偏重于化工，大部分院校都设在化学院系之下，曾经叫“化工与制药”、“化学工程与工艺”等名称，现在一些院校仍在沿用这些名字，只是内容已侧重制药。近20年来，随着以基因工程、细胞工程、酶工程为代表的现代生物技术的迅猛发展，制药工程已逐渐分离出生物方向。其实也就是中药方向，利用先进方法直接萃取或提取动植物体内的有效成分制成药剂，这个方向的制药工程，大多设在生物系之下。目前全世界的医药品已有一半是生物合成的，特别是在合成分子结构复杂的药物时，它不仅比化学合成法简便，而且具有更高的经济效益。 通俗一点讲，化学合成制药就是通过控制化学反应条件，将不同的原料小分子合成为具有药理活性的药物分子的过程；生物制药是利用现代生物技术，比如在微生物DNA中引入特定的基因片段，通过发酵过程来生产特定的药物；中药制药主要是通过一定的技术手段，提取中药里具有药理作用的活性成分；药物制剂则主要研究药物制剂的生产过程，通过改变、优化药品的剂型，使得其药效作用能够更好地被人体吸收利用。 通过四年的学习，制药工程专业毕业生应该初步具备以上几方面的基本能力，能在制药、生物化工、食品等行业从事产品的研制开发和生产工作。另外，毕业生还应具备较高的英语能力和计算机技能，能够胜任应用研究和经营管理工作。